بانک مهر اقتصاد از ابتدای شروع فعالیت خود با نام موسسه قرضالحسنه بسیجیان در سال 1372 باهدف ایجاد زمینههای مساعد جهت رشد اقتصادی جامعه و ارتقا سطح رفاه اجتماعی آحاد ملت آغاز بکار کرد.
در سال 1379 این موسسه درخواست تبدیل از موسسه قرضالحسنه به موسسه مالی و اعتباری مهر به بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران ارائه شد و بدین ترتیب موسسه از سال 1381 حائز شرایط ارتقاء به موسسه مالی و اعتباری شناخته شد.
اساسنامه بانک مهر اقتصاد در تاریخ 24/12/1391 در شورای محترم پول و اعتبار به تصویب رسید و بانک مرکزی جمهوری اسلامی ایران موافقت خود را در تاریخ 29/01/1389 به سازمان ثبتاسناد و املاک کشور ابلاغ نمود و در مهرماه سال 1391 شرکت سهامی عام بانک مهر اقتصاد در اداره ثبت شرکتها ثبت شد.